生物安全实验室内的消毒和灭菌，对于实验室生物安全是至关重要的。每一位生物安全实验室的工作人员都应该掌握消毒和灭菌的基本知识，掌握所操作病原体不同条件下消毒和灭菌的基本方法。
需要指出的是，由于严重污染的物品很难迅速地消毒或灭菌，因此，还需要了解预清洁的基本原理和方法。
实验室要在适当位置配备能够满足消毒灭菌需要的、足够数量的高压灭菌器。实验室高压灭菌器的使用，要遵守国家压力容器使用管理的法规及其《实施细则》，《压力容器安全监察规程》以及有关产品质量标准，如GB8599—1988《自动控制压力蒸汽灭菌器技术条件》），属于受监察的高压灭菌器应定期接受监察部门的监察，并保存相关记录。
实验室所使用的高压灭菌器要符合生物安全的要求，要确保灭菌过程中所产生的废水、冷凝水、废气等在排放之前符合安全要求，推荐使用不排蒸汽的高压灭菌器。
